因美国球员红牌停赛被“缓期执行”以及一连串争议举动，国际足联主席因凡蒂诺正遭多方投诉。7月8日，一家设在伦敦的体育机构以“屡次违背政治中立原则”为由，向国际奥委会道德委员会正式提出申诉，理由包括因凡蒂诺自2020年起担任国际奥委会委员，属于其调查权限范畴。国际奥委会方面表示一直关注相关事态，但对外通报将遵循道德委员会的保密程序，只有在决定处罚时才会公开。

本届美加墨世界杯淘汰赛期间引发争议的焦点之一是美国前锋巴洛贡在比赛中踩踏对手被直接出示红牌，按规定应自动停赛一场，但国际足联纪律委员会却决定“缓期一年执行”，使其得以出战下一场正赛——这是自1970年引入红黄牌制度以来的首例。此举在国际足坛引发强烈反弹，比利时足协和欧足联相继表达“震惊”和“难以置信”。 球友会

因凡蒂诺承认美国前总统特朗普曾就此事给他打过电话，但强调纪律委员会是独立司法机构，相关决定并非由他本人直接作出。不过，外界对他与特朗普关系的关注由来已久：2025年12月，因凡蒂诺在世界杯抽签仪式上将首届“国际足联和平奖”授予特朗普；2026年2月又出席了由特朗普主持的“和平理事会”，这些行为被解读为对特朗普的公开亲近。

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7月8日，72名欧洲议会议员联名向欧盟各成员国足球协会致信，要求对巴洛贡禁赛延期事件进行调查，查明因凡蒂诺是否参与决定、特朗普政府是否施加影响，以及是否存在其他违反政治中立的行为。议员巴里·安德鲁斯批评称，修改赛事中红牌停赛的决定是对公平的侮辱与扭曲。

尽管美国队随后在八分之一决赛中1:4不敌比利时出局，围绕国际足联和其领导层的质疑并未消退。伊朗队在本届赛会遭遇多项困难：后勤、媒体和装备人员因签证问题无法入境，球队甚至被迫在比赛当日往返于美墨边境。《纽约时报》报道引述伊朗球员塔雷米称，因凡蒂诺曾在小组赛后到更衣室承诺“会解决所有问题”，但实际上国际足联并未采取实质性行动。 球友会

此外，7月7日阿根廷对埃及的八分之一决赛中出现多次有争议的判罚，埃及足协已正式提出申诉，要求对该场裁判的执法进行全面调查。种种事件使得国际足联及其主席面临来自政界、足坛组织和公众的多重压力与质疑。